一，什么是合伙人企业？
合伙企业是指由各合伙人订立合伙协议，共同出资，共同经营，共享有收益，共担风险，并对企业债务承担无限连带责任的营利性组织。合伙企业分为普通合伙企业和有限合伙企业。
在所得税税收制度上，有限合伙制企业本身并不具有法人地位，不作为纳税主体，对合伙企业生产经营所得和其他所得按“先分后税”原则征收所得税，以每一合伙人为纳税人，分别缴纳个人所得税或企业所得税。从合伙人的投资层面讲，税率根据投资者的属性不同而不同。自然人合伙人缴纳个人所得税，法人或者其他机构缴纳企业所得税。前面所称生产经营所得和其他所得，包括合伙企业分配给所有合伙人的所得和企业当年留存的所得（利润）。
另外合伙企业生产经营过程中，除了上述所得涉及的税收外，其他税费均由合伙企业以自身名义缴纳。
二，有限合伙企业的所得类型及自然人合伙人适用税率
按照现行财税政策，合伙企业的所得包括生产经营所得和分回的利息、股息、红利所得两类。
1、生产经营所得
有限合伙企业的自然人合伙人，不管是普通合伙人还是有限合伙人，生产经营所得，比照《个人所得税法》所列“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%～35%的五级超额累进税率计算征收个人所得税。自2011年9月开始，合伙企业投资者的生产经营所得依法计征个人所得税时，费用扣除标准统一确定为42000元/年。由于应纳税所得额超过10万元的适用税率为35%，因而合伙企业个人投资者适用的所得税率通常是35%。
2、股息、红利所得
合伙企业对外投资分回的利息、股息、红利所得，根据《国家税务总局<关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定>执行口径的通知》（国税函[2001]84号），该部分收入不并入合伙企业的收入，而作为投资者个人的利息、股息、红利收入，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税，按20%税率缴税。
3、部分地区特殊规定
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三，法人合伙人所得的特殊政策
1、股息红利收入征免税问题
法人合伙人通过合伙企业对外进行股权投资，属于间接投资，不能享受股息、红利所得免税优惠。政策依据：《中华人民共和国企业所得税法》第二十六条第二款规定，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益为免税收入。《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第八十三条企业所得税法第二十六条第（二）项所称符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，是指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益。
2、从合伙企业分配亏损的弥补问题（冲抵受限）
用两个问答来理解：
Q1：合伙企业发生亏损的，法人合伙人（X公司）能否按照合伙比例计算亏损，冲抵X公司当年度的盈利？
A：财税[2008]159号文件规定“合伙企业的合伙人是法人和其他组织的，合伙人在计算其缴纳企业所得税时，不得用合伙企业的亏损抵减其盈利。”故合伙企业发生亏损，只能用合伙企业以后年度的应纳税所得额弥补，不得冲减X公司当期应税所得。
Q2：如果法人合伙人（X公司）本年亏损，从合伙企业分配的所得能否弥补X公司的亏损？
A：X公司按照合伙比例计算的应税所得必须并入X公司当年度应纳税所得总额统一计算企业所得税。X公司按合伙比例计算的应税所得，可以并入X公司当年的应税所得弥补以前年度亏损后计算应纳税额。
3、投资于特定企业的税收优惠问题
《财政部 国家税务总局关于将国家自主创新示范区有关税收试点政策推广到全国范围实施的通知》（财税(2015)116号，以下简称“116号文”）第一条第一款规定：自2015年10月1日起，全国范围内的有限合伙制创业投资企业采取股权投资方式投资于未上市的中小高新技术企业满2年（24个月）的，该有限合伙制创业投资企业的法人合伙人可按照其对未上市中小高新技术企业投资额的70%抵扣该法人合伙人从该有限合伙制创业投资企业分得的应纳税所得额，当年不足抵扣的，可以在以后纳税年度结转抵扣。
四，有限合伙企业合伙人纳税地点
1、自然人合伙人纳税地点
依据财税[2000]91号文，自然人合伙人从合伙企业取得的生产经营所得，由合伙企业向企业实际经营管理所在地主管税务机关申报缴纳投资者应纳的个人所得税，并将个人所得税申报表抄送投资者。91号文第二十条规定，自然人合伙人通过合伙企业从被投资方取得的股息、红利，应由投资者向企业实际经营管理所在地主管税务机关申报缴纳个人所得税。自然人合伙人日常应该在合伙企业生产经营地申报缴纳个人所得税；年度汇算清缴时，如果投资了两个以上合伙企业，应选择其中一个合伙企业的经营管理所在地办理年度汇算清缴。
2、法人合伙人纳税地点
依据财税[2008]159号文，合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则。法人合伙人（X公司）从合伙企业分配所得，并入X公司应纳税所得总额缴纳企业所得税，税款在X公司注册地主管税务机关缴纳。法人合伙人根据法人性质不同，纳税地点有所区分，具体可分为以下四类：
①登记注册地在中国境内的居民企业，以企业登记注册地为纳税地点；
②登记注册地在中国境外的居民企业，以实际管理机构所在地为纳税地点；
③非居民企业取得《中华人民共和国企业所得税法》第三条第二款规定的所得，以机构、场所所在地为纳税地点。非居民企业在中国境内设立两个或者两个以上机构、场所的，经税务机关审核批准，可以选择由其主要机构、场所汇总缴纳企业所得税；
④非居民企业取得《中华人民共和国企业所得税法》第三条第三款规定的所得，以扣缴义务人所在地为纳税地点。
五，有限合伙企业合伙人其他纳税注意事项
1、合伙企业留存所得即使当年不分配，也需要缴税
从合伙企业分得的应税所得，并非指合伙企业实际分配，而是按照合伙比例计算的应纳所得，即无论合伙企业是否实际分配，均需按照合伙比例计算合伙人当年实现的应纳税所得额。其中：
①合伙企业的合伙人以合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额。
②合伙协议未约定或者约定不明确的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人协商决定的分配比例确定应纳税所得额。
③协商不成的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人实缴出资比例确定应纳税所得额。
④无法确定出资比例的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人数量平均计算每个合伙人的应纳税所得额。
⑤合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人。
政策依据：《关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税[2008]159号）。
从企业留存收益纳税规定角度分析，公司制纳税主体可选择不进行利润分配，以避免或推迟股东个人发生个人所得税纳税义务，甚至直接将未分配利润转增股本用于企业再投资。有限合伙制企业投资者取得的收益无论是留存还是已经分配都需要缴税，导致投资者应纳税所得额偏高，并且较公司制企业增加了再投资的成本。
2、自然人合伙人通过多层合伙体取得的投资收益
根据国税函[2001]84号第二条规定，个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。但是国税函[2001]84号只解决了单层的合伙企业“利息、股息、红利”的法律属性问题，那么对于多层的合伙形式实体，“利息、股息、红利”的法律形式能否穿透，维持不变，也是当前合伙企业合伙人关注的问题。
3、合伙企业份额变动的税收政策。
到目前为止对转让合伙企业份额的合伙人如何征税，我国税法没有明确规定。但在实践中主要做法是对合伙人按照“财产转让所得”征收所得税，允许税前扣除财产原值和合理费用。即根据现行个人所得税政策，自然人合伙人转让投资资产按“财产转让所得”和20%的税率缴纳个人所得税。如广州市制定了《个人所得税若干征税业务指引[2010年]》（穗地税函[2010]141号），指引中规定：“个人独资企业和合伙企业投资者转让其在企业财产份额，应以其转让收入额减除财产原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按照‘财产转让所得’项目适用20%税率缴纳个人所得。
4、不同清算项目不能实现盈亏相抵。
合伙企业通常会采用分散投资、组合投资的方法，实践中有时合伙企业先回收资金的项目赢利，后退出项目亏损，经清算后企业总体亏损。而我国个人所得税制目前采用的是分项税制，而非综合税制。自然人合伙人无法将不同的投资项目的盈利和亏损相抵。即便是在总体亏损大于盈利的情况下，还是需要就盈利部分缴纳个人所得税。
六，有限合伙企业合伙人税收筹划
合伙企业的合伙人为不同类型时税收政策不同，具体的分析比较还要从更多的角度和层面着手。针对实施优惠的对象不同，可以分为几类不同的优惠政策进行比较：不同地区对基金合伙人的税收优惠、对基金和基金管理人的税收优惠、对基金管理人员的税收优惠。根据优惠的税种不同可以大致分为：基金以及管理人的财政补贴，对个人或者企业所得税的优惠，和对企业营业税的优惠等。或者从基金从设立到退出的过程来看，可以分为新企业注册的奖励，企业成立后缴税的奖励，以及基金从投资项目退出时的地方优惠等。
各地优惠政策一览表
七，关于合伙企业的重要财税政策
税总公告2017年第20号关于创业投资企业和天使投资个人税收试点政策有关问题的公告及其解读
财税〔2017〕38号关于创业投资企业和天使投资个人有关税收试点政策的通知
总局令35号个体工商户个人所得税计税办法
税总公告2014年第25号关于个体工商户、个人独资企业和合伙企业个人所得税问题的公告及其解读
财税[2011]62号关于调整个体工商户业主个人独资企业和合伙企业自然人投资者个人所得税费用扣除标准的通知
财税[2008]159号关于合伙企业合伙人所得税问题的通知
财税[2008]65号关于调整个体工商户个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知
国税函[2001]84号关于《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》执行口径的通知
财税[2000]91号关于印发《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》的通知
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